Desde que actualicé Ubuntu a la versión 8.10 parpadeaba cualquier tipo de vídeo al reproducirlo con Totem (por lo visto también ocurre con otros players). Hoy me he puesto a buscar y he encontrado la solución en este hilo. Pego a continuación la que me ha servido:
SOLUTION 1
1. Hit Alt+F2
2. Type: gstreamer-properties
3. Click the 'Video' tab
4. Set the output to "X Window System (No Xv)"
Por cierto, mi tarjeta gráfica es una ATI Mobility Radeon HD2600.
